中国中医科学院西苑医院基础医学研究所前身是成立于1974年的西苑医院基础医学研究室，2013年由研究室更名为研究所。已故的李连达院士为该所的奠基人、原学术带头人，岐黄学者刘建勋首席研究员为学术带头人。该所是一个以心脑血管疾病、神经退行性疾病、糖尿病及并发症等疾病为研究对象，涵盖中药药理学、中药化学、中药药代动力学、分子生物学、系统生物学等多个学科的综合性应用基础医学研究所。该所现有科研人员50人，其中岐黄学者1人，岐黄工程首席科学家1名，中国中医科学院首席研究员3名，高级职称27人，博士生导师4名，硕士生导师16名，是中国中医科学院科技创新团队。

该所拥有国家科技部规范化中药药理实验室；国家科技部国家级联合研究中心；国家中医药管理局中药药理重点学科；国家中医药管理局中药药理、中药化学与中药药代三级实验室；国家中医药管理局中药药效评价方法学重点研究室；北京市中药药理重点实验室；中医药研究北京市国际科技合作基地；中澳国际中医药研发中心；西苑-神威中药新药研发中心；中国生物技术外包服务联盟（ABO）成员。设有中药学、中西医结合博士后流动站点和博士、硕士培养点。该所在病证结合动物模型、中药复方功效评价、中药功效物质基础、中药新药研发及中医药国际化等方面作出了突出贡献。共承担国家攻关课题、国家自然科学基金课题、国家重大新药创制课题、973、863等国家级课题72项，省部级课题30项，中国中医科学院课题34项，科研成果转化直接经济效益达数亿元；获国内外专利21项；获得临床批件27个，新药证书11个；近五年发表论文311篇，其中SCI收录论文68篇；主编和参编著作15部；近五年培养硕、博士研究生及博士后54人；先后获得国家科技进步奖一等奖1项，二等奖2项，省部级一等奖8项。